辅助性导航系统包括网站地图、索引和指南。它们提供辅助性的方式来帮助用户寻找内容和完成任务。如果内容组织系统和导航系统都无法满足用户的需要，那么网站地图、索引、指南和搜索就是最后可以依靠的工具。
网站地图（Sitemaps）
对图书而言，目录（table of contents）显示出了图书的组织结构，可以按篇章随机或线性的阅读内容。同样，地图可以帮助用户在物理空间中找到方向。在Web早期，网站地图和目录是同义语，后来网站地图发展成为不成文的标准词汇。典型的网站地图用来显示信息层次的顶端，方便随机浏览被分隔的各部分内容。网站地图一般采用图形方式或文字链接。网站地图对等级式的内容组织方式有一定帮助。当然对只有2-3级的小网站而言，网站地图也许是多余的。
网站地图的设计一般遵循以下原则：
1. 强化信息层级，让用户迅速了解内容的组织方式
2. 对了解网站用户的用户，帮助他们快速、直接地访问内容
3. 避免让用户感觉信息量过大，网站地图的目标是协助用户
从SEO的角度，网站地图可以帮助搜索引擎爬虫直接爬取网站的重要内容。
Intel的网站地图
网站索引（site Indexes）
类似于图书后面的索引，网站的索引也是把关键词按字母顺序排列而成的，而并没有展示出等级关系。索引去掉了内容的层级，如果用户事先知道要找的内容的名称，使用索引就会非常方便。用户快速扫描按字母顺序排列的清单，无需了解内容的等级体系。例如，下图中的AOL展示了简单而有效的网站索引：
大型而复杂的网站通常需要网站地图和索引。网站地图会强化层次，促使用户搜索；而索引会忽略内容的等级体系，方便查找已知条目。
为网站编制索引最主要的困难是粒度的问题。网页需要索引吗？网页上的个别段落需要索引吗？需要索引一堆网页？也许更有价值的问题是：用户用什么术语搜索？这个问题的答案应该可以指导索引的设计。前提是了解用户的需求，通过分析搜索日志，对用户做研究，以便了解用户使用的术语。
建立网站索引的方法一般采用受控词表来编制索引。因为受控词表会出现在很多网页中。设计索引的技巧包括术语轮排，也称为交替（permutation）。例如在Vanguard的索引中，用户既会找到“refund,IRS”，也会找到“IRS,refund”。
指南（Guides）
指南通常是为新用户介绍网站内容和功能的有用工具；同时也是个营销工具，让潜在的顾客知道花钱可以得到什么；对公司内容而言，指南可以把重新设计过的网站的重要特色展示给同事、经理和投资人。指南的形式包括流程演示、教程，指南对理解网站的内容起到补充的作用。
指南基本是线性导航，设计指南的原则是：
1. 指南应该短小
2. 无论何时，用户都能离开指南
3. 在指南中应该包括首页、上一页、下一页这样的导航工具
4. 指南的设计应该是用来回答问题的
5. 截图应该明确，并且把重点部分进行放大
6. 如果指南较长，可能需要建立个目录
向导和配置器（Wizards and Configurators）
向导和配置器可以视为指南的特殊形式。但是，协助用户配置产品或导航复杂决策树的向导，值得单独拿出来讨论。复杂的配置器会模糊应用程序和网站的界限。如下图配置Mini Cooper的网站例子：
在Mini Cooper的配置器里结合了许多导航选项，用户可以沿着线性的流程移动，或者在步骤之间前后移动，而网站的全站导航一直显示在顶端，用来提供上下文和可能的后续步骤。
个性化和定制化（Personalization and Customization）
个性化（personalization）就是针对个人的行为、需求和爱好，向用户提供指定的网页。定制化（customization）是给用户直接的控制权，可以挑战格式、导航和内容。以个性化而言，就是猜测用户想要什么（例如Amazon）；以定制化而言，是用户告诉我们他想要什么。个性化和定制化都可以用来补充现存的导航系统。
可视化（Visualization）
自从Web出现之后，人们就一直试图建造有用的工具，让用户可以用更加直观化的方式来浏览信息。例如使用隐喻的方式，或者采用虚拟现实技术来建立在线博物馆、图书馆、购物中心等等，还有试图实时显示出网站中网页之间的关系。例如Groxis公司探索可视化导航的可能性，其企业级搜索产品Grokker可以为用户奖励可视化导航的体验。
Grokker的可视化搜索结果
社会化导航（Social Navigation）
社会化导航的前提是：个人的价值观可以从其他用户的行为中推论出来。社会化导航拥有伟大的前途，已经成为最快被接纳的主流意见。例如Amazon的协同过滤引擎、Epinion的推荐引擎，以及Flickr的标签云图
Amazon的协同过滤引擎
Flickr的标签云图
导航系统的设计已经获得非常大的进步，看看20实际90年代中期的网站就可以更清晰的认识到这一点（通过Internet Archive,http://www.archive.org/）
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